《百万吨级武藏》的故事发生在西历2118年，宇宙的谜之外星势力占领了地球。主人公·一大寺大和在某天得知了自己平静的生活是虚假的和平，于是乘上百万吨级机器人踏上战场，为夺回地球而战。