《十三机兵防卫圈》的故事讲述的是穿越时空的十三位少年与少女们的群像剧，故事根据13人各自的视角进行展开。《十三机兵防卫圈》分为“追想篇”、“究明篇”、“崩坏篇”三个篇章。在追想篇中感受故事、针对对话收集的关键词思考，会产生新的关键词；在究明篇会接触到故事的更深层，重新体验已经经历过的事件，俯瞰与考察充满疑点的故事；在崩坏篇中头投入战斗，操作机兵对抗世界的危机，编成与使用“近接”、“白兵”、“远距离”、“飞行”四种机兵与袭击城市的巨大怪兽对抗。