《尼尔 机械纪元》描绘了一个架空于未来的，人类已经衰退的世界。此时的地球已经被未知机械生命体占领，玩家作为降落地球的“寄叶部队”，与地表仅存的抵抗军一道对抗机械生物，但在这个过程中被隐藏的真相也逐渐浮出水面。